Despre moartea sa încă sunt multe taine şi lucruri neelucidate. Mulţi sunt convinşi că părintele a fost schingiuit de Securitate, că avea unghiile de la mâini smulse şi că înainte de a muri şi-ar fi avertizat călăii:”Spuneţi-i lui Ceauşescu că nu mai apucă Crăciunul”.

Alţii, dimpotrivă, spun că acesta a murit de moarte bună, la Mânăstirea Sinaia, că slăbise din cauza muncii epuizante şi a numeroaselor boli.

Cert este faptul că părintele Arsenie Boca a fost urmărit şi supravegheat de Securitate până la sfârşitul vieţii. Marele duhvnic intrase în vizorul autorităţilor înainte de instaurarea regimului comunist, iar Securitatea îl urmărea fiindcă îl suspecta că are legătură cu Mişcarea Legionară.

Masele de oameni care se îndreptau spre Mănăstirea Brâncoveanu de la Sâmbăta de Sus în anii celui de-al Doilea Război Mondial puteau să cuprindă şi oameni potenţial periculoşi pentru ordinea de stat, atât de fragilă în contextul istoric atât de delicat, spune dr. George Enache în articolul intitulat „20 de ani de la trecerea la cele veşnice a părintelui Arsenie Boca” apărut în Ziarul Lumina (sâmbătă, 28 noiembrie 2009):

„Cum drumurile aveau drept ţintă cel mai adesea pe părintele Boca, în mod firesc organele de ordine s-au întrebat cum şi în ce fel acest călugăr poate avea influenţă asupra oamenilor. Printre miile de pelerini la Sâmbăta s-au numărat şi tineri simpatizanţi ai Mişcării Legionare, care au căutat sfat la vestitul duhovnic. La semnalele date de informatorii din preajma mănăstirii, pretinsele legături ale părintelui cu Mişcarea Legionară au fost verificate, dovedindu-se lipsa lor de fundament. În schimb, bănuiala a rămas consemnată în dosarele Siguranţei, care vor fi preluate mai târziu de Securitatea comunistă”.